Завершение присоединения Казахстана совпало с реформами в самой России. Отмена крепостного права, меры, направленные на развитие капиталистических общественных отношений, не могли не затронуть Казахстан. Он испытывал на себе активный процесс колонизации. Чтобы придать ему целенаправленный и систематический характер, царское правительство решило созвать в Казахстане административное управление, приближенное к российской системе и максимально отвечающее интересам метрополии. Главной задачей реформы было «добиться постепенного слияния киргизских степей с прочими частями России». Например, в труде «Россия. Полное географическое описание нашего Отечества» под редакций П. Семенова в XVIII томе «Киргизский край»: говорилось: «Киргизы далеки от русского народа. Если они свободно будут кочевать по степным просторам, то их подчинение нам будет пустое слово». Таким образом, с момента присоединения Старшего жуза встал вопрос о создании новой системы управления колониальной территорией путем слияния ее с Россией. Главная причина реформ - это интенсивная колонизация казахских земель, освоение богатых источников сырья и рынка сбыта. Также Россия стремилась создать на основе Казахстана плацдарм для своего дальнейшего продвижения на территорию Средней Азии. Для подготовки реформ в 1865 году была образована специальная Степная комиссия, в которую вошли представители министерства внутренних дел, военного министерства, местные представители. В задачи комиссии входила выработка проекта реформ. В 1865-1866 годах был составлен проект по управлению казахской степью, оформленный в виде двух документов. И июля 1867 года Александр II подписал «Временное положение об управлении в Семиреченской и Сырдарьинской областях», а 21 октября 1868 года - «Временное положение об управлении в степных областях Оренбургского и Западно-Сибирского генерал-губернаторства».

Согласно реформе, вся территория Казахстана делилась на три генерал- губернаторства: Туркестанское, Оренбургское и Западно-Сибирское. По сути дела, территория Казахстана оказалась практически разделенной по жузам. Причем центры управления были соответственно в Ташкенте, Оренбурге, Омске, которые со временем оказались за пределами Казахстана. Вся полнота военной и гражданской власти сосредоточивалась в руках генерал-губернатора, а туркестанский генерал- губернатор вдобавок имел право вести дипломатические переговоры с Китаем и Ираном. Система управления носила военный характер. Генерал-губернаторства состояли из областей. В Оренбургское генерал-губернаторство входили Уральская и Тургайская; в Западно-Сибирское - Акмолинская и Семипалатинская; в Туркестанское - Семиреченская и Сырдарьинская. Территория бывшего Букеевского ханства в 1872 году была включена в состав Астраханской губернии.

Особое значение придавалось полуострову Мангышлак, так как он имел важное военно-стратегическое значение. Через Каспий с ним граничила Россия, на юге - Хива, на западе - Кавказ. По «Временному положению 1868 года» полуостров был выделен в Мангышлакское приставство в составе Уральской области Оренбургского генерал-губернаторства. Здесь, в отличие от других мест, волостные управители и аульные старшины назначались колониальной администрацией, а в других частях Казахстана они хотя бы формально избирались. По предложению оренбургского генерал-губернатора учреждались должности двух помощников мангышлакского пристава «из киргиз для сохранения спокойствия и удобства в управлении» с жалованием 400 руб. серебром каждому. К тому же здесь жили непокорные адайцы. На этот счет можно привести такой факт: генерал-адъютант Н. Крыжановский доносил царю: «...Адаевцы до настоящего времени только насильно подчинялись нашему подданству и не только русская власть к ним не могла проникнуть, но даже султан-правитель Западной части не решался идти к этим инородцам, несмотря на то, что в его распоряжении состоял казачий отряд из 150 человек. В течение 20 лет адаевцы платили дань неисправно и произвольно и только в 10 тыс. кибиток, тогда как положительно известно, что адаевский род состоит, по крайней мере, из числа кибиток вдвое больше» [23, с. 9]. М. Олкотт в своей книге «Казахи» подчеркивала, что «адаевцы проявили себя как непокорные субъекты».

Дальнейшая судьба полуострова Мангышлак была такова: 2 февраля 1870 года под угрозой восстания специальным указом Мангышлакское приставство из Уральской области передали в ведение командующего Дагестанской областью и там ввели военное правление. По принятому в марте 1874 года «Временному положению об управлении Закаспийским краем» Мангышлакское приставство передавалось в Закаспийский военный отдел в составе Кавказского военного округа. 6 мая 1881 года императорским указом была образована Закаспийская область. В нее вошли Кавказский военный округ, Ахалтекинский оазис (часть Туркмении) и Мангышлакский уезд. Так Мангышлак оказался вообще оторванным от Казахстана.

Областные правления подчинялись военным губернаторам, которые являлись командующими военными округами и одновременно наказными атаманами казачьих войск, расположенных на территории области. Это Оренбургское, Уральское, Сибирское и Семиреченское казачьи войска. Областные правления состояли из трех отделов: распорядительного, хозяйственного и судебного. Председателем правления был вице-губернатор, он имел советников, отделы правления возглавляли старшие советники. Пограничные области - Семиреченская и Сырдарьинская, занимались пограничными делами. Области делились на уезды, их было 34. Уезды возглавляли уездные начальники - офицеры, которые назначались генерал- губернатором по представлению военных губернаторов областей. Уездный начальник имел помощников - старшего и младшего.

Уездному начальнику подчинялись полиция, военные части. Уезды делились на волости по территориальному принципу. Волости делились на административные аулы, состоявшие из хозяйственных аулов. В административные аулы входило от 100 до 200 кибиток, в волости - от 1000 до 2000, иногда до 3000 кибиток. Волостные управители и аульные старшины избирались каждые три года тайным голосованием и утверждались вышестоящим начальством. Султаны обеспечивались пожизненной пенсией и освобождались от всяких налогов.

По реформе судебное устройство в Казахстане имело несколько уровней. Сохранились суды биев и казиев на основе адата и шариата. Они функционировали на уровне аула. Уездный, военный суды действовали на основе общеимперских законов и занимались такими делами, как государственная измена, сопротивление властям, порча государственного имущества, убийство должностных лиц и т. п.

Реформы устанавливали ежегодный денежный покибиточный сбор на скотоводов: в Туркестанском генерал-губернаторстве - 2 руб. 75 коп., в Оренбургском и Западно-Сибирском - 3 руб. Для оседлого земледельческого населения сохранялся традиционный налог - одна десятая часть урожая натурой или деньгами. Устанавливались различные повинности по содержанию местной администрации, почтовых дорог, мостов, школ, больниц, по обеспечению подводами военных частей и т.п. Перепись кибиток проводилась каждые три года. Ограничивались права мусульманского духовенства, например, выборного муллу утверждал губернатор. Согласно реформе, в уездных городах предполагалось открыть одну общую школу и медпункт.

Положения 1867-1868 годов были «временными», поскольку царское правительство рассчитывало ввести их в течение двух лет. Однако они встретили решительное сопротивление со стороны местного населения, понимавшего, что эта реформа окончательно превращает Казахстан в колонию Российской империи, и этот процесс растянулся на 20 лет.

Самым тяжким последствием реформы было объявление земли Казахстана государственной собственностью Российской империи. А 26 марта 1893 года вышел царский указ, согласно которому государственной собственностью России становились и воды Каспийского моря. Территориальный принцип административного устройства нарушал традиционное землепользование, тяжелым бременем легли налоги и повинности ущемлялась в своих правах и местная знать. Говоря о результатах реформ, оренбургский генерал-губернатор Н.А. Крыжановский отмечал: «Отныне Киргизская степь становится действительно русской территорией» [85, с. 118]. Подробный же анализ негативных последствий этих реформ для казахского общества дал М. Тынышпаев, который открыто писал, что они не отвечали требованиям жизни казахов и принесли лишь вред [92, с. 17]. Казахи отказались принимать новые порядки.