В очень сложном положении к середине XIX века оказались казахи, кочевавшие в районе Сырдарьи, они испытывали практически двойной гнет: с одной стороны, Хивинского и Кокандского ханств, с другой - российской колониальной политики. Еще в 1843 году под руководством предводителя рода шекты Жанхожи Нурмухамедова была разрушена Хивинская крепость на Кувандарье, а весной 1845 года был разбит отряд хивинцев, насчитывающий до двух тысяч человек, посланный на ее восстановление. Также им была взята крепость Жана Кала. В 1847, 1848 годах он не раз помогал русским войскам отбивать хивинцев от укрепления Раим - первой крепости Сырдарьинской укрепленной линии. Но Сырдарьинская линия к середине XIX века стала активно заселяться казаками и крестьянами - переселенцами из России. В 1853 году В. Перовским была взята Ак-Мечеть и создана Сырдарьинская военная линия, что привело к изъятию больших площадей земли у казахов и водворению здесь казаков и переселенцев. Например, к 1857 году около трех тысяч казахских семей были согнаны со своих мест, а их земли заселили переселенцами. Ужесточение колониального гнета привело к обострению земельного вопроса, росту налогов и податей, усилению произвола царской администрации. Обострились и отношения с Хивинским ханством, считавшим этот регион сферой своего влияния.

Восстание сырдарьинских казахов началось в 1856 году. Его возглавил один из предводителей рода шекты, участник восстания Кенесары Касымова, батыр Жанхожа Нурмухамедов, которому было к тому времени более 90 лет. К концу 1856 года весь район Казалы был охвачен восстанием. Жанхожа, имея до 1500 воинов, осадил Казалинский форпост, уничтожил Солдатскую слободу. Против повстанцев были направлены отряды войск под командованием Михайлова и майора Булатова, но их вылазки оказались безуспешными. Тогда на подавление восстания был брошен отряд генерал-майора Фитингофа численностью 300 казаков и 320 солдат с артиллерией. 9 января 1857 года в урочище Арыкбалык произошло решающее сражение, в результате которого повстанцы потерпели поражение, хотя их численность доходила до пяти тысяч человек. Жанхожа с остатками восставших вынужден был переправиться на правый берег Сырдарьи и уйти в пределы Хивинского ханства. С ним ушло до 20 аулов. Так закончилось восстание сырдарьинских казахов. Каратели разграбили аулы, одного только крупного рогатого скота было угнано 21 400 голов.

Многие годы сопротивление царским властям оказывали отряды батыра Есета Котибарова. Так, 18 июня 1847 года в районе реки Эмбы он напал на карательный отряд из Оренбурга, но, потерпев поражение от превосходящих сил противника, был вынужден отступить. Однако Есет-батыр не прекращал борьбу до осени 1858 года. Юг Казахстана в те годы тоже был охвачен антиколониальным освободительным движением.